Презентация на тему: Молекулярные маркеры

Молекулярные маркеры
Что такое молекулярный маркер ?
Преимущества ММ
Молекулярные маркеры
RFLPs
RAPDs
RAPD – dominant marker
SSR / microsatellite
SSR - Simple sequence repeats
SSR - methodolgy
AFLP- Amplified Fragment Length Polymorphism
AFLPs - свойства
Использование молекулярных маркеров
Application of molecular markers - 2
Application of molecular markers - 3
От генетической карты к ДНК сиквенсу
1/16
Средняя оценка: 4.1/5 (всего оценок: 20)
Код скопирован в буфер обмена
Скачать (442 Кб)
1

Первый слайд презентации: Молекулярные маркеры

Хрусталева Л.И.

Изображение слайда
2

Слайд 2: Что такое молекулярный маркер ?

Молекулярные маркеры (ММ) – ДНК маркеры- обнаруживают нейтральные сайты изменений на уровне ДНК последовательностей. Под нейтральными понимается то, что эти маркеры в отличие от морфологических не проявляют себя в фенотипе. Каждый маркер может быть ничем более как различие в единичном нуклеотиде в гене или участке повторяющейся ДНК.

Изображение слайда
3

Слайд 3: Преимущества ММ

Их количество намного больше, чем морфологических маркеров Не затрагивают физиологию организма Наследуются доминантно (RAPD, AFLP) и ко-доминантно (RFLP, SSRs) Не изменяются под воздействием внешней среды Не взаимодействуют с другими маркерами Относительно простой и дешевый способ получения

Изображение слайда
4

Слайд 4: Молекулярные маркеры

RFLPs - restriction digests + Southern RAPDs - PCR + random primer SSRs - PCR + primers borders microsatellite AFLPs - RE + PCR + selective primers

Изображение слайда
5

Слайд 5: RFLPs

Restriction fragment length polymorphism Ко-доминантные Требуют: Однокопийную ДНК пробу Рестриктазу Southern blotting ДНК полиморфизм

Изображение слайда
6

Слайд 6: RAPDs

Randomly amplified polymorphic DNA Основаны на 10 bp единичном случайном праймере Дешево, просто Не всегда воспроизводимый maize lines; only primer 2 and 5 demonstrate polymorphism

Изображение слайда
7

Слайд 7: RAPD – dominant marker

+ + +

Изображение слайда
8

Слайд 8: SSR / microsatellite

Simple sequence repeats Требует: Последовательность ДНК фланкирующая SSR Дизайн праймеров для пограничных последовательностей Тестирование популяции на полиморфизм Изолирование ДНК фрагментов повторящихся простых последовательностей ДНК, например [GATA], [CGA], [GC]

Изображение слайда
9

Слайд 9: SSR - Simple sequence repeats

Изображение слайда
10

Слайд 10: SSR - methodolgy

Genotype A [AT] 18 [AT] 22 [AT] 18 [AT] 22 Genotype B

Изображение слайда
11

Слайд 11: AFLP- Amplified Fragment Length Polymorphism

Геномная ДНК режется двумя рестриктазами 4-cutter ( Mse I) и 6-cutter ( Eco R1) Пришивание адаптеров к Eco R1 and Mse I RE sites Праймеры комплементарные к адаптерам с селективными нуклеотидами на 3 ’ концах и проведение PCR Разделение фрагментов в высокоразрешающем геле Анализ геля и поиск полиморфных бэндов

Изображение слайда
12

Слайд 12: AFLPs - свойства

Доминантный маркер Количество селективных нуклеотидов зависит от размера генома вида: лилия 2х4, томаты 2х3, нематоды 2х2, получают 100-200 бэндов Число полиморфных бэндов на гель 10-50 Нейтральные маркеры случайно распределены по хромосоме Удобный для автоматизации

Изображение слайда
13

Слайд 13: Использование молекулярных маркеров

RFLPs Информативный, воспроизводимый, дорогой Часто основан на использовании кДНК библиотеки ка пробы / зонда Маркеры представляют полиморфизм обусловленный пробой-рестриктазой Часть единичной копии генома Мощный метод для изучения синтении

Изображение слайда
14

Слайд 14: Application of molecular markers - 2

RAPDs Простой, дешевый Низкая воспроизводимость Требует ПЦР и одного 10 п.н. праймера Излюбленный для изучения биоразнообразия

Изображение слайда
15

Слайд 15: Application of molecular markers - 3

SSRs / microsatellites Мощный Особенно для изучения сортов, пород AFLPs Наиболее часто используемый Быстрый, может быть автоматизирован

Изображение слайда
16

Последний слайд презентации: Молекулярные маркеры: От генетической карты к ДНК сиквенсу

Изображение слайда